Aristóteles, no século IV a.C., organizou os seres vivos em dois Reinos distintos: Animalia e Plantae. Este sistema de classificação simples, que perdurou até ao século XVIII, baseava-se em dois critérios: o tipo de nutrição e a mobilidade dos seres vivos. Nas Plantas foram inseridos todos os indivíduos sem mobilidade e autotróficos e no Reino Animal foram incluídos todos os organismos móveis e heterotróficos.
Em 1866, Ernest Haeckel, na sequência de observações microscópicas, propôs a criação de um terceiro Reino, Reino Protista, nele incluindo todos os seres unicelulares e pluricelulares muito simples sem diferenciação celular (protozoários, bactérias, fungos).
Em 1956, Herbert Copeland sugere a classificação dos seres vivos em quatro Reinos. O avanço da tecnologia e, mais concretamente, o aparecimento do microscópio eletrónico e o desenvolvimento de técnicas citológicas e bioquímicas veio permitir a descoberta de seres que, a nível celular, apresentam diferenças. As bactérias foram incluídas num Reino distinto, o reino Monera, por não terem um núcleo individualizado (seres procariontes).
Em 1969, Whittaker propôs um sistema de classificação em cinco Reinos, introduzindo o Reino Fungi (seres decompositores). Foram três os critérios que estiveram na base: nível de organização celular (tipo e número de células), tipo de nutrição e interação nos ecossistemas. Em 1979 Whittaker propôs uma reformulação, retirando todas as algas (unicelulares e multicelulares) do Reino das Plantas, que passaram a integrar, tal como os fungos flagelados, o Reino Protista.
No Reino Monera incluem-se todos os seres procariontes, autotróficos (fotossíntese ou quimiossíntese) e heterotróficos (absorção), produtores e microconsumidores. O Reino Protista integra todos os organismos eucariontes, uni e multicelulares com reduzida diferenciação, autotróficos (fotossíntese) e heterotróficos (absorção e ingestão), produtores, micro e macroconsumidores. No Reino Fungi encontram-se seres eucariontes, uni e multicelulares com fraca diferenciação, heterotróficos (absorção) e microconsumidores. O Reino Animalia inclui organismos eucariontes e multicelulares, heterotróficos (ingestão) e macroconsumidores. No Reino Plantae, os seres são eucariontes e multicelulares, autotróficos (fotossíntese) e produtores.
Não obstante atualmente se continuar a aceitar a classificação em cinco Reinos de Whittaker, Carl Woese e colaboradores, propuseram, em 1990, um sistema de classificação inovador baseado em comparações de sequências de nucleótidos de RNA ribossómico. Esta proposta separa os seres procariontes em dois domínios (Bacteria e Archaea), reconhecendo a existência de diferenças genéticas entre eles, e inclui todos os organismos eucariontes no domínio Eukarya. O domínio Bacteria engloba os procariontes mais comuns na natureza e o domínio Archaea integra os procariontes que vivem em condições ambientais extremas.
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