Tradicionalmente os seres vivos eram divididos em dois reinos: Plantas e Animais. Como muitos seres simples não cabem nesta divisão, em 1866 Ernst Heinrich Haeckel propôs a categoria Protista, incluindo algas, fungos, protozoários e bactérias, No século XX a classificação mais aceite passou a ter cinco reinos: Protista (protozoários e algumas algas), Monera (bactérias procariontes, e cianobactérias ou algas azuis), Fungi, Plantae e Animalia.
Recentemente a análise genética levou a propor o grupo Archaea para as Archaebactérias, e mais dois grupos: as outras bactérias e os eucariontes (organismos que têm núcleo celular: fungos, plantas e animais).
No entanto, estudos recentes passaram a aceitar o sistema de seis reinos (Monera, Protista, Animalia, Fungi, Plantae e Chromista). O reino Chromista engloba alguns grupos de algas como as Phaeophyta, Chrysophyta e Bacillariophyta (Diatomáceas) que possuem cloroplasto com 4 membranas, localizado no lumem do retículo endoplasmático rugoso e originado de uma simbiose secundária.
Considerando-se os organismos fotossintetizantes envolvidos nesta nova divisão dos reinos, uma das principais características definidoras das linhagens evolutivas é justamente a origem do cloroplasto:
Cianobactérias: Sem cloroplasto, pigmento difuso no citoplasma
Plantas: Simbiose primária (Protista + cianobactéria), cloroplasto com duas membranas.
Protistas (Euglenas e Dinoflagelados): Simbiose secundária ou terciária (Protista + planta), cloroplasto com 3 membranas
Chromistas: Simbiose secundária (Protista + Planta), cloroplasto com 4 membranas.
